伊莉莎白一世死后没有子女，她最近的亲属就是苏格兰的国王-詹姆斯六世。所以詹姆斯六世成为第一个英国的国王，建立斯图亚特王朝，同时统治着英格兰和苏格兰。英国的内战爆发于1642年，即斯图亚特王朝的第二个国王查理一世统治期间，内战的导火索是查理一世与议会之间的冲突。

国王的军队不敌议会军，并在1645年向苏格兰军队投降。1647年，查理一世被移交给英格兰议会，其后趁第二次内战逃亡，但再次被擒。被俘后的查理一世被送上了断头台，奥立弗克伦威尔宣布建立共和国并成为执政者。但不久后，保王党复辟成功，1660年英王查理二世被迎回伦敦。

1665年，伦敦再次遭遇瘟疫，1666年又发生伦敦大火，大火燃烧了五天五夜，将一万五千座建筑烧为灰烬。1689年，荷兰的新教徒威廉通过光荣革命推翻了詹姆斯二世。但苏格兰和爱尔兰忠实于詹姆斯二世的天主教徒并不臣服于他，于是又发生了一系列血腥的起义。詹姆士派的复辟抗争一直持续到18世纪中叶卡洛登一战失利后才告终止。